Peñaflor se encuentra situado en la margen derecha del Río Guadalquivir, en la zona más oriental de la provincia de Sevilla.

Forma parte de la comarca de la vega alta del Guadalquivir y se encuentra a 45 minutos de Sevilla y 35 de Córdoba, estando bien comunicada con estas dos ciudades tanto por vía férrea como por carretera.

El hecho de que esté ubicado entre el Valle del Guadalquivir y las estrivaciones de Sierra Morena convierte Peñaflor en un lugar idóneo para realizar por la vecina sierra rutas de senderismo y cicloturismo.

Es un lugar de contrastes donde las tierras de secano se mezclan con el regadío, las huertas de naranjos con las dehesas, las ganaderías de reses bravas con la caza de conejos, liebres, perdices o jabalíes.

Es su flora predomina la vegetación mediterránea, encinas, alcornoques, acebuches, coscojas y monte bajo.