La comarca de las Merindades se caracteriza por ser un espacio bioclimático de transición entre la España Atlántica y la Mediterránea. Debido a esta característica, en la comarca podemos encontrar zonas relativamente próximas con condiciones climáticas diferentes.
En la comarca el principal valor natural es un paisaje poco degradado y con características muy diferentes. En esta extensión de terreno encontramos tres Espacios Naturales Protegidos como son Monte de Santiago y Ojo Guareña (ambos protegidos bajo la figura de monumento Natural) y Montes Obarenes (declarado como Parque Natural).
Pero no solo estos espacios destacan por la calidad de su medio y entorno natural. El listado de lugares de interés natural es muy extenso pero podemos intentar resumir en los siguientes. Como recursos hídricos señalaremos los saltos de agua (salto del Nervión, Peñaladros, San Miguel, Herrán, Aguasal, La Mea, Tobera, Las Pisas, Pedrosa de Tobalina, Tartalés de los Montes, etc), las riberas de ríos y arroyos (arroyo de Leva, ribera del Nela, ribera del Trema, ribera del Ebro, ribera del Jerea, ribera del Cadagua, ribera del Oca, ribera del Trifón, etc), los nacimientos (Engaña, Nela, Trema, Rioseco, Lunada, La Sía, Jerea, Cadagua, Nervión, sumidero del Guareña, etc) los embalses y lagunas (Ebro, Ordunte, Sobrón, Arceniega y lagunas de Gayangos o de Bárcena) y los desfiladeros, hoces o gargantas (los Hocinos, los Tornos, la Horadada, Sobrón, el Oca, Nela, Quintanaentrepeñas, las Palancas, etc).

En lo concerniente a otros paisajes destacados podremos nombrar los bosques (hayedo de Monte Santiago, Monte Humión, Monte Hijedo, los acebos y hayas del Nela y Engaña, los tejos de Panizares o Trespaderne, el hayedo de Huidobro, el bosque del Cerneja, los bosques del Ordunte, los bosques de la Peña, los pinares de Losa, y los numerosos bosques de robles, encinas y quejigos.